Ad ottobre 2012 all’interno dell’IdV si inaspriscono forti polemiche sulla nuova linea politica del partito e sul ruolo del leader e presidente dell’IdV Antonio Di Pietro. A capo della dissidenza interna si posiziona Massimo Donadi, capogruppo del partito alla Camera, il quale critica duramente Di Pietro per aver dato una linea politica al partito spostata verso il Movimento 5 Stelle di Beppe Grillo: egli paventa l’ipotesi di scioglimento del partito al fine di creare una nuova lista alleata dei grillini con la conseguente e definitiva rimozione di IdV dall’alveo del centro-sinistra ed il rischio di ridurre il partito all’irrilevanza nel quadro politico nazionale. Inoltre Donadi critica una gestione troppo personalistica e padronale da parte del leader nella linea politica volta ad attacchi continui contro il Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano, il Presidente del Consiglio Mario Monti e gli alleati del Partito Democratico, nonché nella gestione economica e finanziaria dei beni del partito.

Il 5 novembre Donadi rassegna le sue dimissioni da Capogruppo dell’IdV alla Camera dopo che la notizia che la maggioranza del gruppo alla Camera vicino al leader Di Pietro era pronto a sfiduciarlo a causa delle sue critiche. L’8 novembre, dopo una riunione dei gruppi congiunti IdV di Camera e Senato, che ha ribadito pieno sostegno alla linea politica del leader del partito Antonio Di Pietro messa duramente in discussione dallo stesso ex capogruppo Donadi, il Deputato e Coordinatore regionale dell’IdV in Campania Aniello Formisano rassegna le sue dimissioni da tutti gli incarichi del partito e del gruppo parlamentare per formare un nuovo soggetto politico che avrà come interlocutore un centrosinistra moderato. Il 21 novembre lasciano il partito anche i deputati Gaetano Porcino e Giovanni Paladini, che è anche coordinatore regionale ligure, ed il senatore Stefano Pedica. Il 22 novembre i cinque parlamentari fuoriusciti presentano un nuovo soggetto politico: Diritti e Libertà.

Il 29 dicembre 2012 Antonio Ingroia, pubblico ministero anti-mafia di Palermo dal 1992 al 2012 e direttore in Guatemala di un’unità di investigazione per la lotta al narcotraffico su incarico dell’ONU, annuncia la sua candidatura a Premier per le elezioni politiche del 2013 a capo di una coalizione di sinistra denominata Rivoluzione Civile e comprendente: l’Italia dei Valori, Rifondazione Comunista, i Comunisti Italiani, la Federazione dei Verdi ed il Movimento Arancione.

Il 30 dicembre 2012 tuttavia il deputato David Favia, non condividendo l’idea della creazione della lista unica di sinistra, lascia il partito ed insieme a vari esponenti dell’IdV marchigiano aderisce al nuovo partito di Donadi.

Alle elezioni nazionali del 24 e 25 febbraio Rivoluzione civile raccoglie il 2,2% di voti alla Camera e l’1,8% al Senato: non riesce ad eleggere nessun deputato e nessun senatore e lo stesso Antonio Di Pietro resta quindi fuori dal Parlamento. Negli stessi giorni delle politiche si svolgono anche le elezioni regionali in tre regioni: alle regionali laziali l’IdV appoggia il candidato di Rivoluzione Civile Sandro Ruotolo, ma non viene eletto nessun consigliere regionale; alle regionali lombarde aderisce alla coalizione di centro-sinistra a sostegno di Umberto Ambrosoli, ma anche in queste elezioni non viene eletto nessun consigliere; alle regionali in Molise invece viene eletto come consigliere il primogenito di Di Pietro, Cristiano. Alle elezioni provinciali di Trento del 2013 l’Italia dei Valori ottiene l’1,6% ma nessun seggio.

Il 26 febbraio Di Pietro, visti i risultati deludenti della lista di sinistra a sostegno della candidatura di Ingroia, rassegna dimissioni irrevocabili dalla presidenza del partito.

Il 26 marzo l’Ufficio di presidenza del partito propone lo scioglimento dello stesso, dichiarando l’intenzione di dar vita a un nuovo soggetto politico ispirato al liberalismo, i cui dirigenti verranno scelti tramite elezioni primarie. Il documento che prevede lo scioglimento del partito è approvato col sostegno della componente del sindaco di Palermo Leoluca Orlando insieme all’ex capogruppo al Senato Felice Belisario ed il consigliere regionale abruzzese Carlo Costantini, e con l’astensione di Di Pietro insieme a Ignazio Messina e Ivan Rota.

Il 6 aprile però l’Esecutivo nazionale del partito ribalta la decisione dell’Ufficio di presidenza e, passando la linea di Di Pietro, vota contro lo scioglimento del partito, conferma il congresso straordinario del 28-30 giugno e dichiara illegittimo il documento del 26 marzo. Con una mozione approvata all’unanimità, viene confermata la linea deliberata a Vasto nel 2011 per un’alleanza di centro-sinistra col Partito Democratico. Di Pietro annuncia che al prossimo congresso straordinario si presenterà da dimissionario, auspicando un cambiamento generazionale.

Il 12 maggio Leoluca Orlando, Felice Belisario e Carlo Costantini lasciano il partito e lanciano l’appello Coerenza e Democrazia, che sarà il primo passo per la creazione del nuovo partito Movimento 139.

Dal 28 al 30 giugno 2013 a Roma si celebra il congresso straordinario nel partito. Candidati alla segreteria sono l’ex capogruppo alla Camera Antonio Borghesi, Matteo Castellarin, il responsabile nazionale degli enti locali Ignazio Messina, l’europarlamentare e vicepresidente del Gruppo dell’Alleanza dei Democratici e dei Liberali per l’Europa Niccolò Rinaldi e Nicola Scalera.

Il 28 giugno Di Pietro ufficializza le sue dimissioni dalla presidenza del partito, dichiarando di rimanere però militante e di voler togliere il suo nome dal logo. Il 28 i candidati Borghesi e Castellarin ed il 29 Scalera convergono su Rinaldi, sostenuto anche dall’europarlamentare Gianni Vattimo.

Il 30 giugno si svolgono online le primarie tra gli iscritti e tra Niccolò Rinaldi e Ignazio Messina viene eletto segretario il secondo, con il 69,11% dei voti congressuali, battendo il primo che si è fermato al 30,89% delle preferenze. Il 5 luglio il neo segretario nomina i nuovi vertici nazionali: Antonino Pipitone come responsabile degli enti locali, Luciano Pisanello come responsabile organizzazione e Ivan Rota come tesoriere e legale rappresentante.

Il 14 settembre 2013, nell’incontro di Sansepolcro, viene presentato il nuovo simbolo dell’IdV: dal simbolo viene tolto il nome di Di Pietro, che dichiara la volontà dell’IdV di tornare alle origini, di volere un centrosinistra basato sui programmi, sulla qualità delle persone e su un’etica della politica e che la coalizione Rivoluzione Civile è stata un errore.