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Veronesi era favorevole agli inceneritori come soluzione di alcune problematiche legate allo smaltimento dei rifiuti e ha sostenuto la loro innocuità per la salute.

Beppe Grillo e altri attivisti hanno messo in discussione tali affermazioni, nel caso di Grillo ipotizzando un conflitto di interesse e sostenendo l’esistenza di una sorta di business a beneficio dell’Istituto tumori, consistente nel provocare i tumori e curarli. A tali critiche Veronesi ha risposto con una lettera. Gli attivisti sostengono che tra i partner della Fondazione Veronesi figurerebbero aziende che si occupano di inceneritori e loro costruzione, centrali elettriche a carbone, ad oli e termonucleari. Le aziende chiamate in causa, oltre ad ENEL, sono Acea e Veolia Environnement che si occupano, oltre che di reti idriche, di incenerimento inquadrato in ambiti rispettivamente di produzione di energia e di trattamento dei rifiuti.

Tali aziende sono tra i ventitré partner della conferenza mondiale The Future Of Science, di cui la Fondazione Veronesi è una delle tre fondazioni organizzatrici, mentre non figurano tra gli oltre cento partner propri della fondazione.

In altre circostanze, Veronesi si è detto favorevole alle centrali nucleari: il 30 maggio 2007 ha dichiarato che per rispettare gli impegni presi nel Protocollo di Kyoto, ed evitare sanzioni per inadempienza, l’Italia dovrebbe realizzare 10 centrali in 10 anni, superando lo «spauracchio ingiustificato» della tecnologia atomica, con la motivazione che tale fonte «non comporta rischi per la salute e l’ambiente». Allo stesso tavolo era presente il Premio Nobel per la Fisica Carlo Rubbia, il quale si è dichiarato in disaccordo con quanto detto da Veronesi.

Veronesi si è detto favorevole sia al matrimonio egualitario sia all’adozione da parte di coppie dello stesso sesso, sostenendo la totale uguaglianza tra coppie eterosessuali e coppie omosessuali.

Ha inoltre sostenuto che l’amore omosessuale è quello più puro, in quanto non finalizzato alla sola procreazione.