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Da sempre vicino al Partito Socialista Italiano, negli anni ottanta Veronesi venne chiamato da Bettino Craxi a far parte dell’assemblea nazionale del PSI.

Nel 1995 è stato tra i dodici firmatari dell’appello per la legalizzazione delle droghe leggere, nel quale si considerava come “una legge che legalizzasse l’uso dei derivati della canapa indiana comporterebbe la creazione di un efficace contesto giuridico di controlli e autorizzazioni”.

Il 25 aprile 2000 è stato nominato Ministro della sanità nel governo Amato II, fino all’11 giugno 2001. In qualità di ministro si è battuto in particolare per una legge antifumo. Dal 2001 l’Italia ha abolito con un decreto ministeriale (a firma del ministro Umberto Veronesi) il discrimine tra donatori eterosessuali e omosessuali, secondo il principio per cui ad essere a rischio non è l’orientamento sessuale quanto il comportamento, cioè l’eventuale rapporto sessuale non protetto. Il maggior numero di contagi tra soggetti omosessuali non è quindi una condizione sufficiente a giustificare un divieto a priori.

Dal 29 aprile 2008 fino al febbraio 2011 è stato senatore del Parlamento Italiano nella XVI Legislatura eletto con il Partito Democratico.

Il 5 novembre 2010 è stato nominato presidente dell’Agenzia per la sicurezza nucleare italiana, carica che lo ha portato alle contestuali dimissioni dall’incarico di senatore. Il 3 settembre 2011 si è dimesso dall’agenzia in polemica con il governo Berlusconi, lamentando l’assenza di una sede, di un decreto formale di nomina e delle strutture minime per consentire all’agenzia di iniziare le sue attività.