La Lega Nord dopo vari anni in cui si era isolata dal panorama politico italiano per le sue tesi secessionistiche e perchè sostanzialmente non aveva alleati, dalle regionali del 2000 torna nel centro destra e partecipa alla formazione della Casa delle Libertà asieme a Forza Italia, Alleanza Nazionale, Centro Cristiano Democratico, Cristiani Democratici Uniti, Nuovo PSI e Partito Repubblicano Italiano. La CdL è riproposta per le elezioni politiche del 2001 e vince le elezioni. Silvio Berlusconi torna Presidente del Consiglio e la Lega Nord torna al governo. I risultati elettorali vedono la Lega Nord in forte calo rispetto al passato: 3,9% dei consensi nella quota proporzionale (dunque di poco sotto la soglia di sbarramento) e solo 47 parlamentari eletti nel maggioritario. Ma l’alleanza con il centrodestra risulta vincente.

La Lega Nord entra nel Governo Berlusconi II con Umberto Bossi che viene nominato Ministro per le riforme istituzionali e devoluzione, Roberto Castelli Ministro della giustizia e Roberto Maroni Ministro del lavoro e delle politiche sociali; e negli uffici di presidenza delle assemblee legislative con Roberto Calderoli, che viene eletto vicepresidente del Senato. Nel governo la Lega Nord spinge per la realizzazione delle riforme costituzionali, in particolare di quella federalista chiamata “devolution” che valorizza il ruolo delle autonomie regionali, attraverso l’attribuzione di competenze esclusive attinenti alla sanità, alla scuola e alla sicurezza pubblica.

La mattina dell’11 marzo 2004 Umberto Bossi è ricoverato in ospedale in gravi condizioni, colpito da un ictus cerebrale; la riabilitazione lo costringe a una lunga degenza ospedaliera in Svizzera e a una faticosa convalescenza, poi conseguentemente a una lunga interruzione dell’attività politica. Si dimette così da ministro, venendo sostituito dal vicepresidente del Senato Roberto Calderoli.

Nonostante le condizioni di salute (la malattia gli ha lasciato un braccio indebolito, difficoltà a camminare e parlare da cui non si è mai ripreso completamente) Bossi si candida come capolista al Parlamento europeo alle elezioni di giugno, risultando eletto nelle due circoscrizioni del nord, con circa 285.000 voti. Per il seggio di Strasburgo lascia quindi la carica di deputato italiano. Bossi riapparirà solo il 19 settembre nella sua casa a Gemonio e tornerà in pubblico gradualmente prima partecipando il 28 febbraio 2005 nella sede della Lega Nord in via Bellerio a Milano all’inaugurazione dell’asilo nido interno. Il 6 marzo Bossi effettua la sua prima uscita pubblica dopo l’ictus nella casa-museo di Carlo Cattaneo a Castagnola. Alla manifestazione di Castagnola prende parte anche il ministro dell’Economia Giulio Tremonti (uomo chiave del cosiddetto «asse del Nord» tra Bossi e Berlusconi), il ministro Roberto Calderoli, il Ministro della Giustizia Roberto Castelli, il Ministro del Lavoro e politiche sociali Roberto Maroni e una delegazione della Lega dei Ticinesi, partito politico localista a ispirazione cantonale elvetico guidato dall’imprenditore luganese Giuliano Bignasca.

Il 19 giugno 2005 Bossi torna a partecipare ai tradizionali raduni di Pontida, ma solo dal 15 novembre ritornerà a far politica a Roma ripresentandosi al Senato. Nelle elezioni europee del 2004 e nelle elezioni regionali del 2005, la Lega Nord recupera parte dei consensi persi in precedenza, ricevendo rispettivamente il 5,1% e il 5,6% dei suffragi a livello nazionale. In vista delle elezioni politiche del 2006, la Lega Nord conferma l’adesione alla Casa delle Libertà, che candida nuovamente Berlusconi a premier, e, per la prima volta, apre anche alle energie provenienti dal Sud Italia, stipulando un accordo con il meridionalista Movimento per l’Autonomia, guidato da Raffaele Lombardo, eurodeputato eletto nelle file dell’UDC e proveniente dalla corrente DC di Calogero Mannino. Esso è composto da esponenti largamente provenienti dalla Democrazia Cristiana, ha il suo radicamento in Sicilia e sostiene politiche in favore del Mezzogiorno, come la costruzione del ponte sullo stretto di Messina. Condivide con la Lega Nord il fattore dell’autonomismo regionale. Si oppone però ad un federalismo fiscale che poggi totalmente sulle spalle delle Regioni. L’obiettivo dei due partiti alleati, secondo Raffaele Lombardo, è quello di «porre fine alla conflittualità tra autonomia e federalismo» e «trasformare i conflitti in sinergie e collaborazione tra Nord e Sud del Paese». Anche il Partito Sardo d’Azione presenterà suoi candidati nella lista Lega-MpA per l’elezione dalla Camera.

Alle elezioni la Casa delle Libertà perde di misura, si forma il Governo Prodi II e la Lega Nord si colloca all’opposizione di Prodi. Dopo le elezioni, il gruppo leghista alla Camera è formato da ventitré deputati e il capogruppo è l’ex ministro Roberto Maroni, mentre al Senato a capo dei tredici senatori c’è l’ex Guardasigilli Roberto Castelli.

Fra 18 ottobre 2004 e il 16 novembre 2005 il Parlamento dà i quattro sì necessari per modificare la Costituzione e introdurre la devolution, cioè la devoluzione alle regioni della potestà legislativa esclusiva in materia di organizzazione scolastica, polizia amministrativa regionale e locale, assistenza e organizzazione sanitaria, riforma fortemente voluta dalla Lega Nord. Tuttavia l’approvazione è avvenuta a maggioranza semplice e questo obbliga la maggioranza a indire un referendum confermativo. Il secondo referendum costituzionale, dopo quello del 2001 sulla riforma del Titolo V, si tiene così il 25 e 26 giugno 2006 e a questo partecipa il 52,3% degli aventi diritto. La maggioranza dei voti risulta di parere contrario alla riforma costituzionale. In sole due regioni, Lombardia e Veneto, i sì prevalgono sui no. Il progetto federalista della Lega Nord subisce così una battuta d’arresto. Bossi ammetterà di essere «un po’ deluso da questa Italia che fa un po’ tristezza».

Alle elezioni politiche del 2008 la Lega Nord partecipa alla coalizione del centro-destra con Il Popolo della Libertà e il Movimento per l’Autonomia, candidando ancora una volta Berlusconi a Presidente del Consiglio. Il partito di Bossi ha presentato le proprie liste e il proprio simbolo tuttavia esclusivamente nelle regioni del Centro-Nord. Al voto, la Lega Nord ha ottenuto un risultato di rilievo, partecipando in maniera decisiva alla vittoria del centro-destra e ottenendo l’8,30% alla Camera e l’8,06% al Senato, in netto rialzo rispetto alle precedenti votazioni.

Nel Governo Berlusconi IV sono ministri: Umberto Bossi alle Riforme per il federalismo, Roberto Calderoli alla Semplificazione normativa, Roberto Maroni all’Interno e Luca Zaia alle Politiche agricole; sono sottosegretari: Maurizio Balocchi alla Semplificazione normativa, Michelino Davico all’Interno, Roberto Castelli alle Infrastrutture e Trasporti e Francesca Martini alla Salute. Rosi Mauro è vicepresidente del Senato.

Alle elezioni europee del 2009 la Lega Nord ottiene il 10,21%. Elegge per la prima volta un parlamentare europeo nella circoscrizione Centro, l’allora segretario della Lega Nord Toscana Claudio Morganti. In Veneto ottiene il 28,38% e risulta il partito più votato nelle province di Belluno, Treviso, Verona e Vicenza. Subito dopo le elezioni la Lega Nord, con l’UKIP, è tra i fondatori del gruppo Europa della Libertà e della Democrazia (EFD), creatosi il 1º luglio 2009 dopo lo scioglimento dell’Unione per l’Europa delle Nazioni.

Nelle elezioni regionali 2010 la Lega Nord si è presentata, sempre alleata del PdL, in 8 delle 13 regioni che andavano al voto (Piemonte, Lombardia, Veneto, Liguria, Emilia-Romagna, Toscana, Marche, Umbria). In due di queste, Piemonte e Veneto, ha presentato i propri esponenti Roberto Cota e Luca Zaia quali candidati presidenti dei due partiti e risultano entrambi eletti. Complessivamente la Lega Nord ha ottenuto il 12,28% del totale dei voti validi delle 13 regioni (19,77% nelle otto in cui era presente), con una punta del 35,15% in Veneto, dove è risultata essere il primo partito a livello regionale. Rispetto alle precedenti elezioni regionali del 2005, il partito ha raddoppiato i propri consensi ottenendo «un avanzamento generalizzato in tutte le regioni del Nord e anche in quelle “rosse”». In termini di voti assoluti il partito ha comunque perso 117 000 voti rispetto al 2008 (–4,1%) e 195 000 voti rispetto al 2009 (–6,6%), ma è una perdita «molto contenuta rispetto all’andamento della partecipazione e quindi equivale a una crescita dei consensi». Secondo studi condotti in nove città del Nord, rispetto alle precedenti elezioni europee si è registrato un consistente flusso di voti dal PdL alla Lega Nord. L’11 febbraio 2014 il Consiglio di Stato annulla definitivamente le elezioni regionali in Piemonte, svoltesi nel 2010, e che avevano visto vittorioso Roberto Cota.

Tra il 2010 e il 2011, periodo politicamente turbolento per la maggioranza di centrodestra a causa della scissione di Futuro e Libertà per l’Italia e dell’insuccesso delle amministrative 2011, la Lega Nord garantisce il proprio appoggio al Governo Berlusconi IV. Alle elezioni amministrative del 2011 infatti la Lega Nord decide di allearsi con PdL solo nelle grandi città, mentre nelle piccole si presenta da sola, ma i risultati sia per la Lega Nord che per l’alleanza di centrodestra sono scarsi e viene persa anche la città di Milano.

Successivamente alle dimissioni di Silvio Berlusconi dell’autunno 2011, la Lega Nord è contraria a qualsiasi governo tecnico, chiedendo il ritorno alle urne. Alla nascita del Governo Monti la Lega Nord, contrariamente agli ex alleati del Popolo della Libertà, si colloca fin dal primo istante all’opposizione di tale governo: infatti la Lega Nord è stata l’unico partito del Parlamento a votare contro la fiducia d’insediamento del governo tecnico di Mario Monti.

Intanto nel partito i rapporti tra Bossiani e Maroniani diventano sempre più tesi: dopo gli scontri interni al gruppo della camera sulla richiesta di arresto per Cosentino, ma smentite dal capogruppo bossiano Reguzzoni, il partito vieta a Maroni di parlare ai comizi. Maroni però non ha intenzione di rispettare il divieto e la base leghista è in rivolta, tant’è che Maroni viene invitato da molte sezioni, e Bossi è costretto a ritirare il divieto.

Il 5 aprile 2012 Bossi si è dimesso da Segretario Federale del partito a seguito dell’inchiesta giudiziaria che ha coinvolto il tesoriere del partito Francesco Belsito, anche lui dimissionario, e la famiglia dello stesso Bossi, dal momento che parte del denaro della Lega Nord, ottenuto come finanziamento pubblico, sarebbe stato utilizzato dalla famiglia Bossi per scopi privati. Tale vicenda coinvolge altri esponenti di spicco della Lega Nord come Rosi Mauro, Roberto Calderoli e Francesco Speroni. La vicenda ha portato, inoltre, il figlio di Bossi, Renzo Bossi, a dimettersi dal Consiglio regionale della Lombardia. Contestualmente alle dimissioni da Segretario, il Consiglio Federale del partito nomina Bossi Presidente Federale, al vertice del partito nomina un triumvirato composto da Roberto Maroni, Roberto Calderoli e Manuela Dal Lago, che lo guiderà fino al congresso, e Stefano Stefani nuovo tesoriere.

Il coinvolgimento di Rosi Mauro induce i vertici a chiederne le dimissioni dalla carica di vicepresidente del Senato. Il suo rifiuto le costa l’espulsione. Nel maggio 2012 Bossi viene iscritto nel registro degli indagati dalla Procura di Milano con l’accusa di truffa ai danni dello Stato, unitamente ai figli Renzo e Riccardo, al senatore Piergiorgio Stiffoni e a Paolo Scala. Nel novembre 2013 Bossi e i propri figli vengono rinviati a giudizio.

Alle elezioni amministrative del 2012 la Lega Nord partecipa alle competizioni elettorali generalmente da sola, rinunciando ad un’alleanza col Popolo della Libertà, e vede il proprio esponente Flavio Tosi riconfermato alla guida di Verona. A Como e a Monza i candidati leghisti non riescono a raggiungere il secondo turno e, complessivamente, la Lega Nord assiste ad un calo generalizzato del consenso.

Prima del V congresso vengono celebrati i congressi nazionali (regionali): in Veneto il maroniano Flavio Tosi batte il bossiano Massimo Bitonci e diventa segretario della Liga Veneta; in Lombardia il maroniano Matteo Salvini batte il bossiano Cesarino Monti diventando segretario della Lega Lombarda; in Liguria la maroniana Sonia Viale batte il bossiano Giacomo Chiappori; in Friuli-Venezia Giulia il maroniano Matteo Piasente batte il bossiano Marco Ubaldi; in Emilia il maroniano Fabio Rainieri batte il bossiano Riad Ghelfi; in Romagna il maroniano Gianluca Pini viene confermato segretario mentre in Trentino è confermato segretario il maroniano Maurizio Fugatti.

Durante il V Congresso Federale della Lega Nord che viene celebrato il 30 giugno e il 1º luglio 2012, il primo dopo le dimissioni di Bossi, Roberto Maroni, unico candidato alla segreteria federale al congresso, viene eletto nuovo Segretario Federale della Lega Nord. Maroni innova l’assetto organizzativo nominando tre vicesegretari: il veneto Federico Caner vicesegretario federale vicario con la delega a costruire la scuola di formazione del partito, il lombardo Giacomo Stucchi vicesegretario responsabile dell’Ufficio politico e degli undici dipartimenti e due consulte e la piemontese Elena Maccanti vicesegretario coordinatrice degli enti locali. Roberto Calderoli è responsabile federale organizzativo del territorio. Viene modificato il simbolo del partito: scompare la parola “Bossi”, sostituita con “Padania”.

Alle elezioni politiche del 2013 la Lega Nord decide di correre in coalizione col Popolo della Libertà con Berlusconi capo coalizione presentandosi insieme alla Lista 3L, partito politico guidato dall’ex ministro Giulio Tremonti, uscito nel 2012 dal Popolo della Libertà e ex ministro dell’economia in governi guidati da Silvio Berlusconi. Questa tornata elettorale vede il partito in netto calo di consenso, avendo ottenuto a livello nazionale soltanto il 4,08% per l’elezione della Camera dei Deputati e il 4,33% per il Senato. Il crollo del supporto popolare al partito è molto evidente ad esempio in Veneto, dove la Lega Nord non raggiunge l’11% (meno della metà rispetto alle elezioni politiche del 2008, e circa due terzi in meno rispetto al massimo dei consensi raggiunto in occasione delle regionali del 2010).

In Lombardia al contrario, dove in contemporanea si vota anche per il rinnovo del Consiglio Regionale (a seguito delle dimissioni anticipate del presidente della giunta regionale uscente, Roberto Formigoni), la Lega Nord limita in parte il calo registrato nelle altre regioni del Nord. Grazie al supporto, ritenuto determinante, del Popolo della Libertà e degli altri partiti e liste civiche che compongono la coalizione di centro-destra, il segretario leghista Maroni riesce ad imporsi sul candidato del centro-sinistra Umberto Ambrosoli ed essere eletto presidente. Dopo il colloquio con il presidente del Consiglio incaricato Enrico Letta, il 25 aprile 2013 il segretario Roberto Maroni ha dichiarato che la Lega Nord sarà all’opposizione del Governo. Il 20 aprile, al sesto scrutinio, la Lega Nord vota per la rielezione a presidente della repubblica di Giorgio Napolitano assieme a Partito Democratico, Popolo della Libertà e Con Monti per l’Italia, ma si astiene dal voto di fiducia al Governo Letta in entrambe le camere e durante il governo Letta si scaglia duramente contro il ministro di origine congolese Cécile Kyenge, difendendo la legge Bossi-Fini. Il 27 novembre la Lega Nord vota al Senato contro la decadenza da senatore di Silvio Berlusconi causata dalla legge Severino. L’11 dicembre 2013 in occasione del voto di fiducia al governo Letta la Lega Nord perde un componente del suo gruppo al Senato, Michelino Davico, il quale decide di votare, contrariamente alla linea del partito, la fiducia al premier.

Il 7 dicembre 2013 si tengono primarie per la segreteria del partito, organizzate da Roberto Calderoli: i candidati iniziali erano Umberto Bossi, Matteo Salvini, Giacomo Stucchi, Manes Bernardini, Roberto Stefanazzi, Flavio Tosi, Gianluca Pini e Erminio Boso. Ma in seguito alla rinuncia di Tosi, alla non ammissibilità delle candidature di Pini e Boso, raggiungono le mille firme necessarie solo Bossi e Salvini. I seggi erano 56 in tutto il centro-nord con la possibilità di voto solo per i soci ordinari con almeno un anno di militanza nel partito che sono 17.747.

Il vincitore delle primarie è stato Salvini con l’82% di voti mentre Bossi ha ottenuto il 18%, su un totale di 10.206 votanti. L’elezione è stata ratificata dai 300 delegati durante il congresso convocato dal partito il 15 dicembre al Lingotto di Torino, proclamando ufficialmente Matteo Salvini nuovo segretario federale del partito.