In occasione delle elezioni politiche 1994, le prime celebrate col sistema maggioritario, quando ancora il Paese vive una situazione di transizione dal sistema della Prima Repubblica a quello del bipolarismo, la Lega Nord si allea con Silvio Berlusconi, entrato in politica fondando il partito Forza Italia e organizzando in breve tempo una coalizione di centrodestra. Berlusconi guida due diversi schieramenti, visto il reciproco disconoscimento fra la Lega Nord e il Movimento Sociale Italiano: al nord Forza Italia, CCD e Lega Nord si presentano come Polo delle Libertà, mentre al sud c’è il Polo del Buon Governo con FI, AN e CCD ma senza la Lega Nord.

La Lega Nord, pur con un leggero calo percentuale, con l’8,4% dei voti alla Camera ottiene 180 parlamentari, grazie alla presenza di candidati leghisti nei collegi uninominali come rappresentanti di tutta la coalizione di centrodestra, e il partito di Bossi diviene il secondo raggruppamento parlamentare dopo quello dei Progressisti e il più grande della coalizione di centrodestra. Il Polo vince le elezioni e viene costituito il primo governo Berlusconi. I ministri leghisti che compongono il governo sono cinque: Roberto Maroni all’Interno nonché vicepresidente del Consiglio; Giancarlo Pagliarini (Bilancio e programmazione economica); Vito Gnutti (Industria, commercio e artigianato); Domenico Comino (Coordinamento delle politiche dell’Unione Europea); Francesco Speroni (Riforme istituzionali).

Dopo una serie di colloqui con gli altri partiti della coalizione, la Lega Nord ottiene anche la carica di presidente della Camera dei deputati (inizialmente aveva chiesto la presidenza del Senato, da affidare a Speroni, ma successivamente per quest’ultimo venne trovato un ruolo ministeriale): Bossi sceglie per questo incarico la giovane Irene Pivetti, già deputata dal 1992 al 1994, che, a soli 31 anni, diventa la più giovane presidente della Camera della storia italiana.

Il governo è destinato a durare in carica soltanto pochi mesi, proprio a causa della sottrazione dell’appoggio da parte della Lega Nord: in un primo momento l’Assemblea federale leghista (6 novembre 1994) presenta un progetto di riforma costituzionale che suddivide l’Italia in 9 macroregioni (o macroaree), riferibili agli Stati pre-unit ari; lo scontro scoppia alcuni giorni dopo sul tema delle pensioni: Berlusconi afferma che non si può governare con un alleato come Bossi e che non rimane altro da fare che ritornare alle urne. Sul tema i rapporti si alterano, e anche il ministro dell’interno Roberto Maroni, Vicepresidente del Consiglio, accusa la maggioranza per la mancanza di accordi con i sindacati.

Lo scontro diretto arriva in aula fra il 21 e il 22 dicembre: in diretta televisiva Silvio Berlusconi, con un discorso duro nei confronti dell’alleato Bossi, dichiara che il patto sancito con lui il 27 marzo è stato tradito e chiede di ritornare immediatamente alle urne. Bossi, dal canto suo, ricambia le accuse, affermando che l’accordo sul federalismo è stato ampiamente disatteso dal governo. Così si apre la crisi: Berlusconi rassegna le proprie dimissioni e invita i suoi militanti a manifestare in piazza contro il tradimento. Il 23 dicembre si incontrano, nella casa romana di Bossi, il segretario leghista con Massimo D’Alema e Rocco Buttiglione, rispettivamente segretari del PDS e del PPI. I tre politici decidono di stringere un’alleanza parlamentare che porterà all’appoggio esterno al successivo governo tecnico guidato da Lamberto Dini. È il cosiddetto patto delle sardine, chiamato così perché alla richiesta di Bossi se i due ospiti avessero fame, il Senatùr offrì quello che aveva nel frigorifero in quel momento, ovvero sardine in scatola, lattine di birra, di Coca-Cola e pancarré (anche se D’Alema preciserà anni dopo che allora «preferii digiunare. Quel frugale pasto fu consumato da Bossi e Buttiglione»).

Nel gennaio 1995 la Lega Nord vota la fiducia, con PDS e popolari, al governo tecnico Dini. La scelta di lasciare Berlusconi provocò tuttavia una scissione all’interno del partito: 40 deputati su 117 e 17 senatori su 60, tra i quali Luigi Negri, Enrico Hüllweck e Giorgio Vido, lasciarono la Lega Nord e a febbraio 1995 formarono il partito Lega Italiana Federalista che arrivò ad avere 30 parlamentari; alcuni aderirono ai Federalisti e Liberaldemocratici mentre altri, fra cui Lucio Malan, passarono a Forza Italia; Maroni prese le distanze dal segretario, ma, dopo alcuni mesi di freddezza con Bossi, tornò a essere membro attivo della Lega Nord. In aprile si tengono le elezioni regionali, dove il partito si presenta da solo, ottenendo il 6,4 %.

Nel gennaio 1996 Dini si dimise. Si arriva allo svolgimento di nuove elezioni, e stavolta la Lega Nord non stringe alleanze. Si presenta da sola e conquista il 10,4% dei voti a livello nazionale e 87 parlamentari. Questa decisione penalizza il Polo di centrodestra e favorisce la nuova coalizione dell’Ulivo, guidata da Romano Prodi, il quale andò a formare il suo primo governo. Al momento della ricostituzione dei gruppi parlamentari leghisti, nel maggio 1996, viene introdotto il nome Lega Nord per l’Indipendenza della Padania (dopo la bocciatura di “Lega Parlamento della Padania” al Senato e “Lega Padania indipendente” alla Camera) che diventerà il nuovo nome del partito con la modifica dello statuto approvata il 15 febbraio 1997. In quell’occasione entra nel patrimonio simbolico leghista il Sole delle Alpi in verde su bianco.

Forte del consenso elettorale (29% in Veneto, 25% in Lombardia), il 15 settembre la Lega Nord, radicalizzando la propria politica, annuncia di voler perseguire il progetto della secessione delle regioni dell’Italia settentrionale (indipendenza della Padania). A tal fine organizza una manifestazione lungo il fiume Po il cui culmine si tiene a Venezia, in Riva degli Schiavoni, dove Umberto Bossi, dopo aver ammainato la bandiera tricolore italiana, fa issare quella col Sole delle Alpi, e proclama unilateralmente l’indipendenza della Padania. A seguito di questa svolta secessionista, alcuni importanti esponenti del Carroccio entreranno in rotta con Bossi: Irene Pivetti è espulsa il 12 settembre 1996 e fonderà Italia Federale, Vito Gnutti lascia la Lega Nord l’11 giugno 1999 e fonderà con altri ex leghisti Futuro Nord.

Nel frattempo il Parlamento, attraverso i decreti legislativi noti come legge Bassanini, attribuisce numerose funzioni amministrative agli enti locali, e in particolar modo ai comuni. La Lega Nord mostra, fin dalla legge di delegazione (legge 15 marzo 1997 n. 59), di non accontentarsi delle riforme e decide di proseguire nella sua battaglia secessionista, creando un Governo padano. Mentre il programma secessionista è in atto, il Parlamento (a maggioranza centro-sinistra) approva una riforma del Titolo V della Parte II della Costituzione, che modifica profondamente il regionalismo italiano. La riforma si fonda sui principi di sussidiarietà – art. 118 – e di leale collaborazione – art. 120 -, indicando espressamente le materie di competenza legislativa esclusiva dello Stato e concorrente tra Stato e Regioni, e riservando alla competenza legislativa esclusiva delle Regioni tutte le altre materie.

Il 18 settembre 1996, pochi giorni dopo la Dichiarazione d’indipendenza della Padania del 15 settembre, la Digos (organo di polizia per gli interventi speciali) eseguì un mandato di perquisizione nell’abitazione di Corinto Marchini (capo delle «camicie verdi» in Lombardia). Marchini e altri erano indagati dalla Procura della Repubblica di Verona per attentato all’unità dello Stato (reato previsto dal Codice penale).
Il mandato prevedeva anche la perquisizione dell’«ufficio di Marchini» presso la sede leghista. Gli agenti si fecero dunque accompagnare nella sede della Lega Nord, in via Bellerio. Qui trovarono Umberto Bossi, Roberto Maroni, Davide Carlo Caparini, Mario Borghezio e alcuni militanti. I leghisti sostennero che non ci fosse nessun ufficio di Marchini nella sede leghista. A questo punto la Digos decise di fare irruzione. Facendosi strada con la forza, gli agenti entrarono nella sede travolgendo i militanti tra cui Bossi, Maroni, Borghezio e Caparini che ingaggiarono un duro scontro fisico. Maroni cadde e rimase ferito. Qualche giorno più tardi la polizia rese noto il verbale dell’operazione. Nella sede leghista fu sequestrato il seguente materiale: camicie, gadget, manifesti, una carta geografica del Po e copie dell’inno Va, pensiero di Giuseppe Verdi. Contro la perquisizione la Camera dei deputati avanzò ricorso secondo l’articolo 68 della Costituzione, che vieta la violazione di locali a disposizione dei parlamentari senza consenso del Parlamento. La perquisizione venne condannata nel 2004 dalla Corte costituzionale in quanto lesiva proprio dell’articolo 68. La Cassazione condannò comunque Roberto Maroni e Piergiorgio Martinelli a 4 mesi e 20 giorni per resistenza a pubblico ufficiale (pena poi convertita in una multa di 5.320 euro). Umberto Bossi venne assolto in appello il 22 giugno 2007, dopo avere chiesto precedentemente l’immunità al Parlamento europeo. Prescritta la condanna di 6 mesi e 20 giorni a Davide Carlo Caparini.

A partire dall’autunno 1998 si staccano dalla Lega Nord diversi dirigenti e militanti che fondano movimenti regionali autonomi: in Veneto movimenti come la Liga Veneta Repubblica, che nelle tornate elettorali ha raccolto un consenso tra l’1,3% (2005) e il 2,3% (2000) a livello regionale con un piccolo exploit nelle elezioni per il Senato nel 2001 dove ha raggiunto il 5%, sfiorando l’elezione di un senatore, nel 2000 diversi gruppi regionali staccatisi dalla Lega Nord fondano Autonomisti per l’Europa, nel 2001 nasce in Liguria il Movimento Indipendentista Ligure e nel 2006 in Lombardia Max Ferrari, ex direttore di TelePadania, dopo essere stato espulso dalla Lega Nord fonda il partito autonomista Fronte Indipendentista Lombardia raccogliendo però pochi consensi.

La linea apertamente secessionista fatta propria dalla Lega Nord portò, dopo il 1998, a un isolamento del partito nel panorama politico italiano, col risultato che, nelle zone dove il radicamento leghista era minore, i suoi candidati alle elezioni amministrative erano nettamente svantaggiati rispetto a quelli di centrodestra e di centrosinistra, generalmente appoggiati da più liste. Per cercare di rimediare a questa situazione, nel settembre del 1998 Bossi lanciò il cosiddetto Blocco padano, una coalizione formata dalla Lega Nord con diverse liste in rappresentanza di varie categorie sociali e produttive del territorio.

Nel 1998 il Blocco padano, di cui il coordinatore doveva essere il parlamentare europeo ed ex sindaco di Milano Marco Formentini, fu annunciato come costituito fondamentalmente da cinque partiti, oltre alla Lega Nord:

• Terra (evoluzione di Agricoltura padana, con a capo Giovanni Robusti, portavoce dei Cobas del latte)
• Lavoratori padani
• Pensionati padani (evoluzione di Padania pensione sicura, con a capo Roberto Bernardelli)
• Imprenditori padani (evoluzione di Non chiudiamo per tasse!)
• Cattolici padani (già presentatosi alle elezioni per il Parlamento della Padania del 1997, con a capo Giuseppe Leoni)

A questi si unirono a seconda dei casi anche liste civiche di portata locale, che talvolta ebbero maggior fortuna: a Udine Sergio Cecotti raggiunse il ballottaggio e fu poi eletto sindaco grazie all’apporto di due liste civiche, senza che i partiti “regolari” del Blocco padano fossero presenti. La coalizione nel suo complesso risentì del calo di consensi generalizzato subito dalla Lega Nord, tanto che dopo il 1999 non fu più ripresentata se non in maniera sporadica, anche perché la Lega Nord, entrando a pieno titolo nella Casa delle Libertà, trovò alleati di maggiore consistenza elettorale.

Tra il 1999 e il 2000 la Lega Nord si avvicina nuovamente alla coalizione di centro-destra, rinsaldando i rapporti con Silvio Berlusconi e il suo partito, Forza Italia. La nuova alleanza tra Lega Nord, Forza Italia, AN e centristi, che viene chiamata Casa delle Libertà, muove i primi passi già alle elezioni regionali del 2000, quando la Lega Nord, alleata della CdL, conquista posizioni di rilievo nelle giunte regionali e locali; il successo della CdL provocherà le dimissioni del Governo D’Alema II.

La Casa delle Libertà nasce come prosecuzione dell’esperienza delle precedenti coalizioni di centrodestra affacciatesi sullo scenario politico italiano nel 1994 e nel 1996, riconosciute sotto il nome di “Polo”: Polo delle Libertà, Polo del Buon Governo e Polo per le Libertà.

Essa è frutto di un rinnovato accordo tra partiti stabilmente alleati (FI-AN-CCD-CDU) e la Lega Nord che, fino ad allora, si è mantenuta al di fuori degli opposti schieramenti sostenendo la secessione del Nord dal resto dell’Italia. Il 17 febbraio 2000 il gruppo parlamentare leghista assume il nome di “Lega Nord Padania” (in luogo del precedente “Lega Nord per l’indipendenza della Padania), accettando una condizione posta da Gianfranco Fini per l’avvio dei negoziati, mentre il 19 febbraio successivo, in occasione di un convegno dell’ANCE, Berlusconi e Bossi annunciano la nascita di un accordo elettorale (noto alle cronache come «patto del mattone») per le imminenti elezioni regionali. Sempre il 19 febbraio, dalle colonne del quotidiano «Il Foglio», Berlusconi prospetta una nuova coalizione elettorale, denominata “Casa delle Libertà”, aperta anche ai radicali.