Alle elezioni politiche del 13 maggio 2001 la Casa delle Libertà, formata da Forza Italia, AN, Centro Cristiano Democratico e Cristiani Democratici Uniti (poi confluiti nell’Unione dei Democratici Cristiani e di Centro), Lega Nord, Partito Repubblicano Italiano e Nuovo PSI e capeggiata da Silvio Berlusconi vince sull’Ulivo di Francesco Rutelli.

AN ritorna al governo dopo sette anni, ma stavolta in maniera più stabile e duratura: AN si attesta come quarto partito nazionale ed il secondo partito della Casa delle Libertà, che si appresta a governare l’Italia per i successivi cinque anni.

Del nuovo governo entrano a far parte vari esponenti di AN: il presidente del partito Gianfranco Fini come Vicepresidente del Consiglio; Altero Matteoli come Ministro dell’Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare; Maurizio Gasparri come Ministro delle comunicazioni; Gianni Alemanno come Ministro delle Politiche Agricole, Alimentari e Forestali; Mirko Tremaglia come Ministro per gli Italiani nel mondo. AN ottiene anche tre viceministri: Adolfo Urso alle Attività produttive; Mario Baldassarri all’Economia e finanze; Ugo Martinat alle Infrastrutture e trasporti.

Alla fine del 2001 il parlamento approva la Legge 27 dicembre 2001, n. 459, “Norme per l’esercizio del diritto di voto dei cittadini italiani residenti all’estero”, detta Legge Tremaglia dal nome del ministro di AN, che consente gli italiani all’estero di partecipare all’elezione del Parlamento, nel quale saranno rappresentati da dodici deputati e sei senatori.

Dal 4 al 7 aprile 2002 viene celebrato il secondo congresso di AN: Vince la Patria, nasce l’Europa. Come sede del congresso viene scelta Bologna, città natale di Gianfranco Fini che dal 1999, per la prima volta nella sua storia, è amministrata dal centrodestra di Giorgio Guazzaloca. Gianfranco Fini viene visto ormai come un leader di caratura europea, moderato e riformista, e viene acclamato presidente dal partito. Fini afferma che Alleanza nazionale non deve più misurarsi con il suo passato ma deve fare i conti con il futuro, deve governare, ma definisce il partito unico del centrodestra una prospettiva attualmente non realistica. Fiamma tricolore e Msi restano nel simbolo e dopo il congresso AN si dimostra come una forza di destra moderata con una forte identità. Sul tema dell’immigrazione, allora in fase di studio da parte dei partiti della maggioranza, Fini afferma che il governo sta proponendo una legge giusta e severa, che lega l’immigrazione al lavoro.

Nel corso dell’azione di governo, infatti, AN si contraddistingue nell’elaborazione di una nuova legge, correlata al mondo del lavoro, per combattere e controllare l’immigrazione clandestina: nel luglio 2002 sarà così approvata la Legge 30 luglio 2002, n. 189, “Modifica alla normativa in materia di immigrazione e di asilo”, detta Legge Bossi-Fini, che regolamenta le politiche sull’immigrazione e prevede che l’espulsione, emessa in via amministrativa dal Prefetto della Provincia dove viene rintracciato lo straniero clandestino, sia immediatamente eseguita con l’accompagnamento alla frontiera da parte della forza pubblica. La legge prevede il rilascio del permesso di soggiorno alle persone che dimostrino di avere un lavoro per il loro mantenimento economico ed ammette i respingimenti al Paese di origine in acque extraterritoriali, in base ad accordi bilaterali fra Italia e Paesi limitrofi, che impegnano le polizie dei rispettivi Paesi a cooperare per la prevenzione dell’immigrazione clandestina.

Sul piano economico AN spinge per una maggiore collegialità nelle scelte del governo, trovandosi alle prese col fatto che Giulio Tremonti (esponente di Forza Italia), disponendo del ministero del Tesoro, si ritrova in pratica ad avere l’ultima parola su ogni decisione. La richiesta costante di una “cabina di regia” in materia economica porterà nel 2004 alle dimissioni di Tremonti, sostituito nell’occasione da Domenico Siniscalco.

Nel giugno del 2002 AN partecipa insieme al Rassemblement pour la France di Charles Pasqua ed ai Repubblicani irlandesi alla nascita dell’Alleanza per l’Europa delle Nazioni, partito politico europeo nazional-conservatore che può contare nel Parlamento europeo su circa 30 parlamentari che risiedono nel gruppo Unione per l’Europa delle Nazioni.

Nell’estate del 2003 viene nominato come coordinatore del partito Ignazio La Russa.

Nel novembre 2003 Gianfranco Fini fa visita allo Yad Vashem, il museo dell’Olocausto di Gerusalemme. È la prima volta di Fini in Israele, un viaggio atteso da dieci anni da quando aveva fondato AN per abbandonare l’eredità fascista e passare al partito di governo, moderato e democratico. Fini ha denunciato gli errori del fascismo e la tragedia dell’Olocausto, definendo le leggi razziali promosse dal regime fascista come «male assoluto del XX secolo». Molti organi mediatici hanno riportato la dichiarazione estendendo il concetto di male assoluto allo stesso Fascismo.. Il vicepremier afferma inoltre di aver cambiato idea anche su Benito Mussolini: «Il popolo italiano si assume la responsabilità per quanto accaduto dal 1938, quando sono state adottate le leggi razziali. Non c’è condanna senza assunzione di responsabilità”».

Secondo il sondaggista Renato Mannheimer gli elettori di AN a grande maggioranza si schierano con Fini: le sue esternazioni sono considerate opportune da più del 70% dei votanti attuali per il partito e da una quota ancora maggiore addirittura, il 77%, dell’elettorato potenziale. Inoltre la maggioranza dell’elettorato nel suo insieme e, in misura ancora più elevata, di quello di AN, pensa che le dichiarazioni del presidente di AN costituiscano una svolta per il partito e per la politica italiana.

Queste posizioni spingono tuttavia la deputata Alessandra Mussolini, nipote del dittatore fascista Benito, in AN dalla fondazione, a dimettersi dal partito, fondando un nuovo partito: Libertà di Azione (poi diventato Azione Sociale).

Il partito è sempre stato molto sensibile al ricordo dei Massacri delle foibe e dell’Esodo istriano, e così s’impegna nell’approvazione della Legge 30 marzo 2004, n. 92, “Istituzione del «Giorno del ricordo» in memoria delle vittime delle foibe, dell’esodo giuliano-dalmata, delle vicende del confine orientale e concessione di un riconoscimento ai congiunti degli infoibati”, detta anche Legge Menia dal primo firmatario Roberto Menia, che istituisce il Giorno del ricordo del 10 febbraio.

A giugno 2004 si svolgono le elezioni europee: AN, con circa 3.750.000 voti, si attesta sul risultato dell’11,5% ed elegge 9 parlamentari europei, che aderiscono al gruppo parlamentare Unione per l’Europa delle Nazioni.

Nel settembre 2004 Fini decide di tornare ad occuparsi direttamente del partito ed abolisce la figura del coordinatore; chi aveva quella carica fino a quel momento, Ignazio La Russa, tornò a svolgere le mansioni di capogruppo alla Camera.

A seguito della designazione di Franco Frattini a Commissario europeo da parte del governo italiano, il Presidente di AN Gianfranco Fini viene nominato nuovo Ministro degli Esteri. Il 19 novembre 2004, dopo la nomina di Fini a Ministro degli esteri, vengono così nominati tre nuovi vicepresidenti del partito per rafforzare AN: Ignazio La Russa, Altero Matteoli e Gianni Alemanno.

Alle elezioni regionali del 2005 la Casa delle Libertà subisce un insuccesso clamoroso: su 14 regioni vince soltanto in 2, perdendo Piemonte, Liguria, Abruzzo, Puglia, Lazio e Calabria. Nessuno dei candidati governatori esponenti di AN, Pietro Laffranco in Umbria, Francesco Storace nel Lazio, Italo Bocchino in Campania e Giovanni Pace in Abruzzo, viene eletto.

Alleanza Nazionale come partito, pur nel calo generale della CdL, si mantiene sostanzialmente stabile sulle sue più recenti affermazioni elettorali, nonostante la creazione di Alternativa Sociale, coalizione elettorale formata da vari partiti di estrema destra ad opera di Alessandra Mussolini.

Il Governo Berlusconi II entrò in crisi: AN chiede il rilancio dell’esecutivo, minacciando, qualche giorno dopo l’Unione dei Democratici Cristiani e Democratici di Centro, di ritirare i suoi ministri dal governo. Berlusconi è costretto a dimettersi e a costituire un nuovo governo il 23 aprile 2005, il Governo Berlusconi III, che ritrova l’unità della coalizione puntando ad avviare una serie di politiche per il Mezzogiorno.

Gianfranco Fini oltre alla vicepresidenza del consiglio assume il dicastero degli Esteri, Altero Matteoli, Gianni Alemanno e Mirko Tremaglia rimangono al loro posto; Mario Landolfi prende il posto di Gasparri alle Comunicazioni; Francesco Storace, che ha perduto la presidenza della Regione Lazio per pochi punti percentuali, diviene ministro della Salute al posto di Girolamo Sirchia.

Un motivo di dibattito all’interno del partito è provocato dai referendum sulla procreazione medicalmente assistita, che si tengono il 12 e 13 giugno 2005: si tratta di quattro quesiti promossi dai Radicali e da alcuni partiti della sinistra italiana, che chiedono l’abrogazione di quelle parti della Legge n. 40 del 19 febbraio 2004, Norme in materia di procreazione medicalmente assistita che pongono dei limiti all’impiego degli embrioni per la fecondazione e la ricerca scientifica. La Chiesa cattolica si schierò apertamente contro il referendum, invitando i fedeli all’astensione, posizione che trova disponibilità anche da parte di altri partiti della maggioranza, eccetto Forza Italia, che vuole lasciare libertà di coscienza agli elettori.

All’interno di AN le posizioni sono molteplici: Gianni Alemanno, Francesco Storace, Altero Matteoli, Maurizio Gasparri e Azione Giovani sono per l’astensione; Adolfo Urso andrà a votare ma dirà quattro No; tre Sì e un No per Italo Bocchino. Gianfranco Fini, nonostante il suo precedente parere contrario in Parlamento, a sorpresa annuncia di voler votare tre Sì (con un No alla fecondazione eterologa), criticando fortemente l’astensione e così spiazzando gran parte del partito.

Le posizioni di Fini sui temi etici provocano malumori nel partito. I rappresentanti della destra sociale, come Gianni Alemanno, criticano duramente Fini per la sua posizione, come molto critici sono i cattolici Fiori, Fisichella e Selva. Dopo l’esito fallimentare del referendum, che ottiene soltanto il voto del 25% degli aventi diritto, Alemanno si dimette dalla vicepresidenza di AN e Mantovano esce dall’esecutivo nazionale del partito.

La frattura si ricompone all’Assemblea Nazionale del 2 e 3 luglio 2005, dove il partito ritrova l’unità compromessa, approvando un documento, presentato da tutte le correnti, che ribadisce quanto sancito dieci anni prima a Fiuggi circa l’identità nazionale, cattolica, sociale e liberale di AN e che priorità sono la preparazione della campagna elettorale in vista del 2006 ed il superamento del correntismo. Fini ne accoglie le critiche, notando che sarebbe stato un metodo migliore discuterne insieme prima di stabilire la libertà di coscienza nel voto referendario, ed ottiene così il rinnovo della fiducia.

Il 15 luglio 2005 il giornale romano Il Tempo pubblica una conversazione privata, ma ascoltata da un giornalista, di Matteoli, La Russa e Gasparri in un bar. I tre esponenti del partito parlano di Fini come di un problema: La Russa che dà del «malato» a Fini; Matteoli convinto che bisognerebbe «prenderlo a schiaffi»; Gasparri che annuisce. Fini, giudicando irriguardosi quei commenti, chiederà le dimissioni dei tre dal partito e, dopo le loro pubbliche scuse, la frattura tra il leader e i colonnelli si ricomporrà col passare del tempo. Fini tuttavia ridisegnerà il partito, mettendo suoi fedelissimi: Andrea Ronchi nuovo portavoce, Roberto Menia iniziative esterne, Giovanni Collino e Silvano Moffa per il programma. Dopo le dimissioni da vicepresidente di La Russa e Matteoli nessuno prenderà il loro posto e il nuovo coordinatore lombardo al posto di La Russa sarà Cristiana Muscardini.

Nel settembre 2005 lascia il partito l’eurodeputato e vicesindaco di Catania Nello Musumeci, esponente della Destra Sociale, lamentando la poca democrazia all’interno del partito, e ne forma uno proprio: Alleanza Siciliana.

A causa delle posizioni ritenute laiciste del presidente Fini, dopo aver già minacciato le dimissioni dopo il referendum, il senatore Publio Fiori nel novembre 2005 lascia il partito dopo una lunga militanza in AN, aderendo alla Democrazia Cristiana di Gianfranco Rotondi.

Uno degli ultimi atti della maggioranza di centrodestra prima delle elezioni è l’approvazione di notevoli riforme costituzionali nel segno della devoluzione dei poteri dallo Stato alle Regioni, il federalismo. La devolution, cavallo di battaglia della Lega Nord, viene approvata in via definitiva il 17 novembre 2005 con il voto favorevole di AN come di tutta la CdL.

L’approvazione di questa nuova Costituzione suscita le dimissioni dal partito del senatore Domenico Fisichella, storico fondatore e padre spirituale di Alleanza Nazionale, contrario alla riforma, il cui federalismo considera contrario alla storia della nazione, contrario alla propria storia familiare e personale. La nozione d’interesse nazionale, voluta da AN, Fisichella la considera inutile, in quanto, essendo le questioni inerenti sottoposte al nuovo Parlamento in seduta comune, trovandosi il nuovo Senato federale con particolari connotazioni localistiche, non sarebbe oggetto di un’efficace e obiettiva valutazione.

Tra gli ultimi atti compiuti da Alleanza Nazionale al governo vi fu anche il decreto-legge 30 dicembre 2005, n. 272, poi convertito dalla Legge 21 febbraio 2006, n. 49, detta Legge Fini-Giovanardi, che abolì la distinzione fra droghe pesanti e droghe cosiddette leggere, e con cui i dirigenti di AN si proponevano di ridurre gli effetti ai loro occhi nefasti del referendum abrogativo del ’93, che aveva ottenuto la delegittimazione dell’uso delle droghe con una percentuale di Sì di poco superiore al 50%. Questo decreto accolse i favori degli alleati di AN, mentre dai suoi avversari fu visto come un tentativo estremo di ingraziarsi con un’abile mossa il favore dei propri elettori.