La sesta edizione de L’isola dei famosi è andata in onda dal 15 settembre al 24 novembre 2008, sempre con la conduzione di Simona Ventura per la sesta volta consecutiva, affiancata in studio dagli opinionisti Mara Venier, Luca Giurato e Pamela Prati, e con la partecipazione dell’inviato Filippo Magnini in collegamento da Cayos Cochinos (Honduras).
I 23 naufraghi sono stati sull’isola per 71 giorni, e Vladimir Luxuria vinse il montepremi finale di 200 000 euro.

Come nell’edizione precedente, gli autori del programma hanno provato ad aggiungere al cast dei 10 “famosi” anche 8 “non famosi”.

Il serale, che in questa edizione è stato trasmesso di lunedì e non più di mercoledì come avveniva per le precedenti edizioni, è stato condotto per la sesta volta consecutiva da Simona Ventura. L’inviato Filippo Magnini ha curato le strisce giornaliere e i collegamenti dall’Honduras. I collegamenti con i naufraghi avvenivano dalla Selva oscura un antico tempio caratterizzato da statue e candele simile alla Ruina dell’edizione precedente.

Ogni settimana i concorrenti si sottoponevano, come previsto dal regolamento, alla prova leader, che decretava il leader della settimana, che era immune dalle nomination e decideva il nome di uno dei due nominati. La durata del programma è rimasta invariata: 71 giorni complessivi come l’edizione precedente.

È stato inoltre reintrodotto, a partire dalla quarta settimana, il meccanismo del bacio di Giuda, già presente nel regolamento della quarta edizione, che concedeva al naufrago appena eliminato dal televoto, di nominare uno dei concorrenti rimasti in gara. Il prescelto aveva un voto in più rispetto agli altri nelle nomination della settimana successiva.

Anche quest’anno la diretta settimanale è stata seguita dal dopo-isola Scorie, condotto da Nicola Savino con la partecipazione di Debora Salvalaggio e Claudia Galanti.

Il 1º dicembre 2008 è andato in onda il gran galà di chiusura soprannominato Tutti a casa.

L’edizione è stata condotta per la sesta volta consecutiva da Simona Ventura, mentre l’inviato è stato Filippo Magnini. Gli opinionisti sono stati: Mara Venier, Luca Giurato e Pamela Prati (dalla nona puntata in poi).

• Per le prime due settimane di gioco i due gruppi di concorrenti, famosi e non famosi, hanno vissuto in spiagge diverse: i primi sull’isolotto di Cayo Paloma e i secondi nella tetra foresta di Laguna Cacao. A partire dal quindicesimo giorno anche i non Famosi si sono trasferiti a Cayo Paloma.
• Durante la seconda puntata è stato nominato da ognuno dei due gruppi di naufraghi un ambasciatore, il quale ha avuto il compito di trasferirsi sulla spiaggia della squadra avversaria per la durata di una settimana. Per i non famosi è stato nominato Carlo Capponi che s’è trasferito presso i Famosi, per questi ultimi invece è stato eletto Giucas Casella che si è trasferito a vivere presso i non famosi. Gli ambasciatori non hanno potuto partecipare alle prove ricompensa.
• Belén Rodríguez, durante l’ottavo giorno di permanenza sull’isola, ha subito una ferita ad una caviglia, che si è prodotta lei stessa, per distrazione, con un pezzo di lamiera. La ferita è stata curata con sette punti di sutura.
• A Laguna Cacao l’ambasciatore Giucas Casella, durante il decimo giorno, ha avuto un malore ed è stato trasferito all’ospedale. Il medico che l’ha visitato ha rilevato l’ipotesi di un’ischemia; il concorrente è quindi stato costretto a ritirarsi dal gioco.
• Massimo Ciavarro, durante il 35º giorno di permanenza sull’isola, è stato prelevato dal gruppo e portato in ospedale dove è stato operato urgentemente per forti dolori addominali, causati da un’ulcera gastrica. L’operazione è andata a buon fine, ma al concorrente non è stato più concesso di tornare sull’isola.
• Proprio come accadde nell’edizione precedente, i naufraghi durante il 43º giorno di permanenza sull’isola, sono stati trasferiti dall’isolotto di Cayo Paloma alla spiaggia di Playa Uva.
• Vladimir Luxuria ha vinto la finalissima del 24 novembre 2008 diventando così la prima concorrente transgender a vincere un reality show italiano. Questo avvenimento ha avuto una grande eco sui giornali nazionali e nei dibattiti televisivi, permanendo per parecchi giorni all’attenzione dei mezzi di comunicazione.