Dal 28 al 30 giugno 2013 a Roma si celebra il congresso straordinario nel partito. Candidati alla segreteria sono l’ex capogruppo alla Camera Antonio Borghesi, Matteo Castellarin, il responsabile nazionale degli enti locali Ignazio Messina, l’europarlamentare e vicepresidente del Gruppo dell’Alleanza dei Democratici e dei Liberali per l’Europa Niccolò Rinaldi e Nicola Scalera.

Il 28 giugno Di Pietro ufficializza le sue dimissioni dalla presidenza del partito, dichiarando di rimanere però militante e di voler togliere il suo nome dal logo. Il 28 i candidati Borghesi e Castellarin ed il 29 Scalera convergono su Rinaldi, sostenuto anche dall’europarlamentare Gianni Vattimo.

Il 30 giugno si svolgono online le primarie tra gli iscritti e tra Niccolò Rinaldi e Ignazio Messina viene eletto segretario il secondo, con il 69,11% dei voti congressuali, battendo il primo che si è fermato al 30,89% delle preferenze. Il 5 luglio il neo segretario nomina i nuovi vertici nazionali: Antonino Pipitone come responsabile degli enti locali, Luciano Pisanello come responsabile organizzazione e Ivan Rota come tesoriere e legale rappresentante.

Il 14 settembre 2013, nell’incontro di Sansepolcro, viene presentato il nuovo simbolo dell’IdV: dal simbolo viene tolto il nome di Di Pietro, che dichiara la volontà dell’IdV di tornare alle origini, di volere un centrosinistra basato sui programmi, sulla qualità delle persone e su un’etica della politica e che la coalizione Rivoluzione Civile è stata un errore.

Alle elezioni regionali in Basilicata del 17 e 18 novembre 2013 il partito aderisce alla coalizione di centrosinistra ottenendo il 3,45% dei consensi, senza però eleggere alcun consigliere regionale. Alle elezioni regionali in Sardegna del 16 febbraio 2014 invece, sempre in coalizione col centrosinistra, crea una lista unica con i Verdi ed ottiene l’1,10% dei voti, riuscendo ad eleggere un consigliere.

Per le elezioni regionali del maggio 2014 di Piemonte e Abruzzo il partito presenta proprie liste all’interno delle coalizioni di centrosinistra, che risultano vincenti in entrambe le regioni e l’Idv riesce ad eleggere un consigliere in Abruzzo.

Alle europee del 2014 presenta le proprie liste con capolista in tutta Italia il segretario Ignazio Messina. Degli europarlamentari uscenti solo Giommaria Uggias viene ricandidato, dal momento che Niccolò Rinaldi ha aderito a Scelta Europea e Sonia Alfano, a cui il PD aveva inizialmente prospettato una candidatura, non è stata poi candidata dallo stesso PD una volta uscita dall’IdV. Il partito ottiene 179.693 voti, con lo 0,65% e nessun eletto.

Il 3 ottobre 2014, poco prima del raduno nazionale di Sansepolcro, Di Pietro decide di lasciare definitivamente l’IdV. Un voto che lo vede nettamente in minoranza (il 95% dei delegati approva infatti la linea politica del segretario Messina) sancisce l’addio al partito che, nel 1998, aveva fondato proprio nella cittadina toscana. Di Pietro, in particolare, volendo portare avanti un’opposizione dura al Governo Renzi, già dopo le elezioni europee aveva criticato la scelta di riallacciare un rapporto di dialogo con il PD.

Il 30 ottobre 2014 l’Italia dei Valori torna ad avere un proprio rappresentante in Parlamento alla Camera dopo che, come comunicato tramite conferenza stampa, Aniello Formisano decide di lasciare il Centro Democratico e di ritornare ad aderire all’Italia dei Valori (di cui era stato già deputato fino al 2012), collocandosi nel gruppo misto.

Il 1º aprile 2015 l’Italia dei Valori torna ad avere un proprio rappresentante anche al Senato: si tratta del parlamentare Michelino Davico (ex Lega Nord), il quale, però, abbandona il partito dopo quattro mesi.

Il 16 luglio 2015, tuttavia, durante una conferenza stampa alla Camera dei deputati, due senatori ex Movimento 5 Stelle, Maurizio Romani e Alessandra Bencini, aderiscono all’IdV. Entrambi, il 6 agosto 2015, costituiscono al Senato della Repubblica la componente del gruppo misto “Italia dei Valori”, a cui hanno poi aderito.

Il 30 novembre 2015 Formisano entra nella componente del Gruppo misto formata dall’Unione Sudamericana Emigrati Italiani, da Italia Unica (centro) e da Identità e Azione (centro-destra).

In seguito alla decisione del partito di sostenere la ricandidatura di Luigi de Magistris, Formisano abbandona l’Italia dei Valori e aderisce ai Moderati.

L’8 luglio 2016 il senatore Francesco Molinari aderisce all’Italia dei Valori.

L’IdV in vista delle regionali del 2015 si presenta in Veneto nella lista Veneto Civico, in Campania con la propria lista, in Puglia nella lista Emiliano per la Puglia, nelle Marche si federa con Partito Socialista Italiano, Scelta Civica e Verdi in Uniti per le Marche. Quindi si allea col centrosinistra. Ma ottiene seggi nella sola Campania ove ottiene l’1,13% (1 seggio).

Nelle principali città al voto, l’IdV si presenta in alleanza col centrosinistra (tranne a Napoli e Torino). Il partito ha ottenuto i seguenti risultati: lo 0,7% a Milano, lo 0,3% a Roma, l’1,1% a Napoli, lo 0,4% a Torino, lo 0,3% a Ravenna, l’1,2% a Rimini, il 3,2% a Benevento e l’1,7% a Crotone.

Alle elezioni regionali in Sicilia del 2017 i suoi candidati si presentano all’interno di Alternativa Popolare a sostegno di Fabrizio Micari non superando però lo sbarramento del 5%. Il 29 dicembre dello stesso anno in appoggio al PD di Matteo Renzi viene costituita la lista Civica Popolare che riunisce, oltreché l’IdV, Alternativa Popolare di Angelino Alfano, i Centristi per l’Europa di Pier Ferdinando Casini, Unione per il Trentino di Lorenzo Dellai e L’Italia è Popolare di Giuseppe De Mita. A seguito di tale decisione, la senatrice Bencini, pur rimarcando il suo sostegno alla coalizione di centrosinistra, abbandona il partito. Messina perderà la sfida dell’uninominale di Brescia contro l’ex sindaco Adriano Paroli e quindi l’IdV non ha più rappresentanti in Parlamento.

A novembre il consigliere regionale abruzzese Lucrezio Paolini decide di lasciare l’IdV in disaccordo con la linea del partito di appoggiare l’ex deputato forzista Fabrizio Di Stefano alle regionali del 2019. L’ultimo consigliere regionale del partito rimane quindi Francesco Moxedano, in Campania nel gruppo misto. L’IdV, visto il ritiro di Di Stefano, infine sosterrà comunque il candidato del centro-sinistra Giovanni Legnini con la lista Avanti Abruzzo di Daniele Toto raccogliendo solo lo 0,93%.

Alle elezioni regionali in Toscana del 2020 partecipa alla lista Orgoglio Toscana per Giani Presidente insieme a Centro Democratico, Partito Socialista Italiano, Partito Repubblicano Italiano e realtà civiche. La lista ottiene il 2,95% non superando di poco la soglia di sbarramento fissata dalla legge elettorale toscana a 3%.

Il 1º luglio 2021 i parlamentari Piera Aiello e Elio Lannutti, entrambi ex-5S annunciano l’ingresso nel partito, che torna quindi ad avere una rappresentanza parlamentare dopo 3 anni di assenza; oltre ai due parlamentari annuncia l’adesione a IdV anche Elisabetta Trenta, ministro della difesa nel governo Conte I. Nei mesi successivi Trenta (mai veramente iscritta) e Aiello abbandonano il partito.

Il 27 gennaio 2022 si costituisce al Senato il gruppo C.A.L. (Costituzione, Ambiente, Lavoro) – Idv formato da 10 senatori: Rosa Silvana Abate, Luisa Angrisani, Margherita Corrado, Mattia Crucioli, Fabio Di Micco, Bianca Laura Granato, Barbara Lezzi, Cataldo Mininno e Rosellina Sbrana, ex pentastellati provenienti dal Gruppo misto-Non iscritti, ed Elio Lannutti, che già rappresentava Italia dei Valori con una componente. Il giorno stesso il gruppo si scioglie e il partito torna ad essere presente con l’omonima componente del Gruppo misto, di cui Lannutti continua ad essere l’unico aderente.

Il 27 aprile 2022 si costituisce al Senato il gruppo parlamentare C.A.L. (Costituzione Ambiente Lavoro) – PC – IdV.

Per le elezioni politiche del 2022 si apparenta ufficialmente con Noi con l’Italia, accedendo in seguito al buon esito di quest’ultima ai benefici di legge previsti per il 2×1000.

Alle elezioni regionali nel Lazio del 2023 l’Italia dei Valori è presente nelle liste di Noi moderati a sostegno di Francesco Rocca con i candidati Sante Carrea, Alessandra Luzza ed Anna Maria Colocci ma nessuno dei tre verrà eletto.

Il segretario Ignazio Messina, che nel 2022 aveva corso come candidato sindaco a Sciacca appoggiato dal centro-destra, il 22 marzo 2023 viene nominato vice-coordinatore di Noi con l’Italia e il 20 maggio seguente prende parte al congresso del partito entrando a far parte del suo direttivo nazionale.

Il 25 gennaio 2024 viene annunciata la federazione politica tra Noi moderati e l’Italia dei Valori con il segretario dell’IdV Ignazio Messina che diventa il portavoce del partito.