Dopo una breve detenzione presso Talkha, il 25 febbraio Zaki è stato trasferito nel carcere di Mansura ed è stata fissata la sua udienza in tribunale per il 7 marzo seguente. Dopo una visita dei genitori, concessa in via straordinaria, il 5 marzo è stato trasferito nel carcere di Tora, al Cairo. Due giorni dopo, il tribunale competente ha rinnovato la sua detenzione preventiva fino alla successiva udienza, poi posticipata al 21 marzo, e nuovamente posticipata a causa della pandemia di COVID-19 in corso.

La detenzione preventiva è stata più volte prolungata per periodi successivi, prima di 15 giorni e poi di 45 giorni.

La prima udienza del processo si è svolta il 14 settembre 2021. Tra le accuse mosse nel mandato d’arresto, l’unica che la Procura suprema per la sicurezza dello Stato ha sostenuto al processo è «diffusione di false notizie dentro e fuori il Paese», in relazione ad un articolo, a firma di Zaki, pubblicato nel 2019 sul giornale libanese Daraj.Nell’articolo, il giovane ricercatore riportava alcune persecuzioni e discriminazioni subite dalla comunità copta egiziana.

Il 7 dicembre 2021, al termine della terza udienza, il tribunale ha ordinato la scarcerazione di Zaki, che ha potuto rimanere in libertà per la restante durata del processo. La scarcerazione è stata eseguita il successivo 8 dicembre. Durante l’undicesima udienza, il 18 luglio 2023 a Mansura, il tribunale egiziano lo ha condannato a tre anni di reclusione con effetto immediato. Il giorno successivo, il presidente egiziano Abdel Fattah al-Sisi gli ha concesso la grazia presidenziale.