Il 23 giugno 2023, Prigožin effettua una rivolta contro il ministro della difesa russo accusandolo di aver mentito riguardo ad una controffensiva ucraina e di aver ordinato dei bombardamenti aerei che hanno ucciso molti mercenari Wagner impegnati nel conflitto. Il giorno seguente Prigožin dà inizio ad una marcia verso Mosca, ritenuta un tradimento dal presidente della Federazione Russa Putin, come protesta contro le decisioni militari prese da Šojgu e Gerasimov, per poi interrompere l’azione il giorno stesso a seguito di una mediazione attuata dal presidente della Bielorussia Lukašėnko.

Il 23 agosto 2023 l’agenzia di stampa russa TASS e altri organi di stampa diffondono la notizia che Prigožin sarebbe uno dei dieci passeggeri deceduti nello schianto di uno dei suoi due aerei privati (un Embraer Legacy 600), avvenuto nei pressi della località di Kuženkino, nella regione di Tver’. Il velivolo era partito dall’aeroporto di Mosca-Šeremet’evo ed era diretto a San Pietroburgo. Insieme a lui viaggiavano altri membri del Gruppo Wagner, tra cui il suo braccio destro, Dmitrij Utkin, anch’egli perito nel disastro. La sua morte è stata confermata dalle autorità russe quattro giorni dopo lo schianto dall’analisi del DNA dei resti ritrovati. Il funerale si è tenuto il 29 agosto in forma privata nel cimitero di Porochovskoe a San Pietroburgo, dove è stata tumulata la salma.

Al 2023, secondo indagini sociologiche russe sulle elezioni presidenziali del 2024, Prigožin, insieme ad Aleksej Naval’nyj, era considerato il candidato più favorito come concorrente del presidente Putin.