Il 5 ottobre 1981, su Canale 5, ebbe inizio il programma mattutino Bis, il 23 dicembre 1982 partì Superflash, versione aggiornata del precedente Flash; durò fino al 13 giugno 1985. Altri successi furono il programma a premi Pentatlon (3 ottobre 1985-18 giugno 1987) i quiz Parole d’oro (1987-1988) e Telemike (1º ottobre 1987-11 giugno 1992). Nel 1987 fu nominato vicepresidente della Fininvest e nel 1990 divenne vicepresidente di Canale 5.
Dal 5 marzo 1989 al 20 dicembre 2003 ha condotto il più longevo dei suoi programmi, La ruota della fortuna, stabilendo il record di puntate condotte. Negli anni novanta proseguì la sua carriera con: Tutti x uno (1992-1993), C’era una volta il festival (5-19 dicembre 1989, 5-19 dicembre 1990), Tris (1º ottobre 1990-28 giugno 1991). Dal 1990 ha condotto Bravo, bravissimo, programma dedicato alle esibizioni canore di bambini, e dal 1994 al 2002 Viva Napoli, gara dedicata alla canzone partenopea nella quale fu affiancato nelle varie edizioni da Mara Venier, Massimo Lopez, Lello Arena, Loretta Goggi e Miriana Trevisan.
Nel 1993/1994 condusse Festival italiano su Canale 5, sulla falsariga del Festival di Sanremo, con Paola Barale (prima edizione) e Antonella Elia (seconda edizione). In seguito si dedicò a La ruota mundial (1994), Ma l’amore sì (1996), Telemania (11 dicembre 1996-25 febbraio 1997), L’albero delle stelle (1998) e I tre tenori (29 novembre 1998), tributo a lui, Corrado e Raimondo Vianello quali pionieri della televisione italiana messo in scena da Maurizio Costanzo ed Enrico Mentana. Dall’ottobre 1994, inoltre, fu ideatore insieme con la moglie Daniela Zuccoli del programma d’informazione commerciale di Italia 1 Grandi magazzini, di cui condusse la prima puntata cedendo poi il testimone a Marta Flavi, Paola Barale, Marco Predolin e Natalia Estrada.
Nel 1996 fondò, con la moglie e i figli, la Bongiorno Production, casa di produzione che produce programmi come Bravo Bravissimo Club, Viva Napoli, Allegria!, Mezzogiorno di cuoco. Nel 1997 ritornò alla presentazione del festival di Sanremo. Nel 2000 ha condotto Momenti di gloria, insieme con Ellen Hidding, trasmissione in cui cantanti non professionisti potevano incarnare il proprio cantante preferito.
Ancora nel 2000 ha condotto su Canale 5, insieme con Antonella Elia, Qua la zampa!, trasmissione dedicata a cani, gatti e altri animali domestici.
Nelle ultime stagioni televisive, dopo la chiusura della celebre Ruota della fortuna, Bongiorno si è dedicato alla conduzione di due quiz di successo su Rete 4: Genius, dedicato ai bambini, andato in onda dal 6 novembre 2003 all’8 gennaio 2004 in prima serata e dal 2 febbraio 2004 al 21 aprile 2006 al pomeriggio, e, dal 4 maggio all’8 giugno 2006, dal 10 ottobre al 22 novembre 2006 e dal 5 aprile al 24 maggio 2007, il suo ultimo telequiz, Il migliore, in cui varie categorie di persone si sfidavano in domande di cultura generale.