Nel 1951 si recò, per conto del Carlino, in Polesine dove, con una cronaca rimasta negli annali, descrisse l’alluvione che flagellava la provincia di Rovigo; nonostante il grande successo che riscossero quegli articoli, Biagi venne isolato all’interno del giornale per via di alcune sue dichiarazioni contrarie alla bomba atomica, che lo fecero passare per un comunista e che lo fecero considerare, quindi, un “pericoloso sovversivo” per il suo direttore.
Gli articoli sul Polesine furono letti però anche da Bruno Fallaci, direttore del settimanale Epoca e zio di Oriana Fallaci, alla ricerca di nuovi elementi per le sue redazioni. Fallaci lo chiamò a lavorare come caporedattore al periodico. Biagi e la sua famiglia (erano già nate due figlie, Bice e Carla; nel 1956 arriverà Anna) lasciarono quindi l’amata Bologna per Milano.
Nel 1952 Epoca attraversava un momento difficile. Alla ricerca di scoop esclusivi da poter pubblicare in Italia, il nuovo direttore Renzo Segala, subentrato da un mese a Bruno Fallaci, decise di partire per l’America affidando a Biagi la guida del giornale per due settimane, stabilendo già in partenza i temi da affrontare durante la sua assenza e cioè il ritorno di Trieste all’Italia e l’inizio della primavera.
Nel frattempo scoppiò però il “caso Wilma Montesi”: una giovane ragazza romana venne ritrovata morta sulla spiaggia di Ostia; ne nacque uno scandalo in cui rimase coinvolta l’alta borghesia laziale, il prefetto di Roma e Piero Piccioni, figlio del ministro Attilio Piccioni, il quale rassegnò le dimissioni. Biagi, intuendo la grande risonanza che il caso Montesi stava avendo nel Paese, decise, contro ogni disposizione, di dedicare a esso la copertina e di pubblicare un’inedita ricostruzione dei fatti. Fu un successo clamoroso: la tiratura di Epoca crebbe di oltre ventimila copie in una sola settimana e Mondadori tolse la direzione a Segàla, da poco tornato dagli Stati Uniti, affidandola proprio a Biagi.
Sotto la direzione di Biagi, Epoca s’impose nel panorama delle grandi riviste italiane surclassando la storica concorrenza de l’Espresso e del’Europeo. La formula di Epoca, a quel tempo innovativa, punta a raccontare con riepiloghi e approfondimenti le notizie della settimana e le storie dell’Italia del boom. Un altro scoop esclusivo sarà la pubblicazione di fotografie che raffigurano un umanissimo papa Pio XII che gioca con un canarino.
Nel 1960 un articolo sugli scontri di Genova e Reggio Emilia contro il governo Tambroni (che avevano provocato la morte di dieci operai in sciopero, tanto da essere definita strage di Reggio Emilia) provocò una dura reazione dello stesso governo, per cui Biagi fu costretto a lasciare Epoca. Qualche mese dopo fu assunto dalla Stampa come inviato speciale.