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Nel 1995 iniziò a condurre la trasmissione Il Fatto, un programma di approfondimento dopo il TG1 sui principali fatti del giorno, di cui Biagi era autore e conduttore; tra le interviste andate in onda nella trasmissione, vanno segnalate quella a Marcello Mastroianni, quella a Sophia Loren, quella a Indro Montanelli e soprattutto le due realizzate a Roberto Benigni. Nel luglio del 2000 la Rai dedicò a Biagi uno speciale in occasione del suo ottantesimo compleanno, intitolato Buon compleanno signor Biagi! Ottant’anni scritti bene, condotto da Vincenzo Mollica. Nel 2004 Il Fatto fu proclamato da una giuria di critici televisivi come il miglior programma giornalistico realizzato nei primi cinquant’anni della Rai. Biagi e Silvio Berlusconi nel 1986

La prima intervista a Benigni era stata rilasciata dopo la vittoria di quest’ultimo ai Premi Oscar del 1997, mentre la seconda venne registrata nel 2001, a ridosso delle elezioni politiche, che poi avrebbero visto la vittoria della Casa delle Libertà. In quest’ultima il comico toscano commentò, a modo suo, il conflitto di interessi e il contratto con gli italiani che Berlusconi aveva firmato qualche giorno prima nel salotto di Bruno Vespa. I commenti provocarono il giorno dopo roventi polemiche contro Biagi, che venne accusato di utilizzare la televisione pubblica per impedire la vittoria di Berlusconi. Al centro della bufera c’erano anche le dichiarazioni che il 27 marzo Indro Montanelli aveva rilasciato al Fatto. Il giornalista aveva attaccato pesantemente il centro-destra, paragonandolo ad un virus per l’Italia e sostenendo che sotto Berlusconi il nostro Paese avrebbe vissuto una “dittatura morbida in cui al posto delle legioni quadrate avremmo avuto i quadrati bilanci”, ovvero molta corruzione.

In seguito a queste due interviste diversi politici e giornalisti attaccarono Biagi; tra questi Giulio Andreotti e Giuliano Ferrara, che dichiarò: “Se avessi fatto a qualcuno quello che Biagi ha fatto a Berlusconi, mi sarei sputato in faccia”. La critica più dura arrivò però dal deputato di Alleanza Nazionale e futuro ministro delle comunicazioni Maurizio Gasparri, che auspicò in un’emittente lombarda l’allontanamento dalla Rai dello stesso Biagi. Biagi fu quindi denunciato all’Autorità per le Garanzie nelle Comunicazioni per “violazione della par condicio”, ma venne poi assolto con formula piena.

Il 18 aprile del 2002 l’allora presidente del Consiglio Silvio Berlusconi, mentre si trovava in visita ufficiale a Sofia, rilasciò una dichiarazione riportata dall’Agenzia Ansa e passata poi alla cronaca con la definizione giornalistica di «editto bulgaro». Berlusconi, commentando la nomina dei nuovi vertici Rai, resi pubblici il giorno prima, si augurò che “la nuova dirigenza non permettesse più un uso criminoso della televisione pubblica” come, a suo giudizio, era stato fatto dal giornalista Michele Santoro, dal comico Daniele Luttazzi e dallo stesso Biagi. Biagi replicò quella sera stessa nella puntata del Fatto, appellandosi alla libertà di stampa:

Fu l’inizio, per Enzo Biagi, di una lunga controversia fra lui e la Rai, con numerosi colpi di scena e un’interminabile serie di trattative che videro prima lo spostamento di fascia oraria del Fatto, poi il suo trasferimento su Rai 3 e infine la sua cancellazione dai palinsesti. Biagi, sentendosi preso in giro dai vertici della Rai e credendo che non gli sarebbe mai stata affidata alcuna trasmissione, decise a settembre di non rinnovare il suo contratto con la televisione pubblica, che fu risolto dopo 41 anni di collaborazione il 31 dicembre 2002.

Nel corso del 2002 i rapporti con Berlusconi si deteriorarono sempre più a causa della pregiudiziale morale che per Biagi era imprescindibile; infatti, a tal proposito disse: «uno che fa battute come quella di Berlusconi dimostra che, nonostante si alzi i tacchi, non è all’altezza. Un presidente del Consiglio che ha conti aperti con la giustizia avrebbe dovuto avere la decenza di sbrigare prima le sue pratiche legali e poi proporsi come guida del Paese. (Il Fatto, 8 aprile 2002)» Nel novembre dello stesso 2002 divenne uno dei fondatori e garanti dell’associazione culturale Libertà e Giustizia, spesso critica verso l’operato dei governi guidati da Berlusconi.